于瑾精通多族语言，对北方地理、民族有很深研究。

元深非常在乎于瑾安危，不愿让他冒险。

于谨表示，如果能说服西边高车归顺，可以打开平叛局面，故坚持前去一试。

元深作出各种安全布置后，才同意于谨出发。

于谨历经曲折，成功劝说西边高车部落3万多人东投元深。

于谨随高车部落一同行军，同时派出几批死士给元深送去同样内容的一封信：高车部落东行途中，破六韩拔陵一定会在五原一带拦截。请元深派重兵在五原设伏，争取重创叛军。

元深对于谨的谋略从不怀疑，立即照做。

果然，破六韩拔陵亲自率主力拦截西边高车部落。

元深率大军与于谨指挥的高车军夹击破六韩拔陵，重创并大败之。

另一边，阿那瓌得到消息，也率军前来参与围剿。

叛军完全溃散，被斩杀6万多，被俘无数。

继卫可孤之后的头号大将破六韩孔雀被斩，破六韩拔陵率残部退至黄河南岸。

元深与阿那瓌非常默契，对破六韩拔陵穷追不舍。

最后，叛军完全失去斗志，二十多万人放下武器投降。

但破六韩拔陵不知所踪。

至此，北魏六镇起义基本被平定。

阿那瓌又从北魏朝廷获得大量封赏后撤回去。

元深前年曾上书朝廷，提出善待六镇官兵、军户、犯人，避免矛盾激化。可惜没引起朝廷重视。

此刻，面对二十多万叛军降徒，他再次上书，认为这些降徒只是随大流的百姓，朝廷没必要以叛军对待他们，以自由民身份安置他们，对稳定北方大局更有利。

元深建议：在恒州之北设置郡县，将他们安置在那里；健全管理制度，提供救济，令他们消除叛乱之心，逐步安居乐业。

元深强调：这样做，魏国北方基本可以安定下来。

然而，此时的朝廷里，重新掌权的胡太后，最大贪官、丞相元雍，以及皇帝元诩，再次表现出“不纳良言”的作风，对元深的奏折只是付诸一笑。

皇帝下诏：令黄门侍郎杨昱为“降户安置使”，将这二十多万叛军俘虏分散安置在河北的冀、定、瀛三州，成为“就食降户”。

参与六镇叛乱的野心家们，大多跑路了。

这二十多万普通叛军，都是为了争取吃口饱饭的权力而参战。

现在，朝廷一纸诏令，他们就得离乡背井，奔赴未知他处，成为被看管监督的贱等农户。

这些人嘴上不敢有怨言，心里则抱定了隐忍复仇的态度。

后来，当他们再次拿起武器反叛时，就不再顾忌生与死，而是成为一往无前的死士，成为推翻元家（拓跋家）皇朝的中坚力量。这是胡太后、皇帝元诩、丞相元雍万万想不到的。

元深得知朝廷决定时，不住摇头：这二十多万降户，此刻是乞活民，将来若有风吹草动，必定是死战兵。

本朝气数已尽矣！——元深在心里如此深深哀叹。